生物信息学（Bioinformatics）是一门利用计算机技术研究生物系统之规律的学科，它是当今生命科学与其它自然科学多学科交叉形成的重大前沿领域之一，同时也是21世纪自然科学的核心领域之一，其研究重点主要体现在基因组信息学，蛋白质空间结构模拟以及药物设计等方面。
为促进我校生物信息学学科建设与人才培养，拓展本科生对这一前沿领域的了解，由有害生物控制与资源利用国家重点实验室发起举办的中山大学生物信息学竞赛（第二届）现面向全校本科生接受报名。有关事项通知如下：
一、参赛对象
全校在读本科生均可参加竞赛，以参赛团队形式报名，每个团队由5－10人组成，自由组合（不限年级、专业），自行确定一名组长。
二、竞赛内容
与iGEM大赛相关的生物信息学科研项目，参赛作品要以软件形式提交。申请内容要求可参见附件。
项目分为指定课题与自由申报课题两类。其中指定课题由辅导老师命题，同学们可按照不同的课题要求合理组织人员后统一申报；自由命题可由同学们根据感兴趣的方向自定课题。
指定课题项目如下：
（1）BiArkit 2．0：自动化基因电路和人工生物设计软件系统。（杨建华老师）
基于上一届我们获金奖的作品BiArkit软件系统，开发机器学习算法和概率统计模型整合高通量的生物信息数据去自动化设计和构建人工生物。
（2）BioFramework：合成生物学框架软件编程人工生物调控系统。（杨建华老师）
开发支持向量机和概率罚分模型相结合的软件平台整合表达、调控及功能基因组的数据设计人工生物调控系统，并进一步通过实验的方法初步验证设计的调控系统的功能。
（3）新颖的宏基因组组装（assembly）的预览器和编辑器。（黄盛丰老师）
三、赛程安排
1、接受报名：即日起至2013年5月25日期间，参赛者自由组队，提交项目申请书（见附件），电子版发至邮箱：sklbcyjs@mail．sysu．edu．cn，纸质版交至有害生物控制与资源利用国家重点实验室办公室（南校区生物楼204或东校区生命科学院大楼226室）。
2、初步遴选：2013年5月30日组织专家进行评审和初次遴选。
3、项目培育：2013年6月－2014年4月，入选项目将获得每项1000－2000元资助进行培育。
4、项目考核：2014年4月上旬，组织入选项目进行答辩考核评选出优秀项目可获得推荐备战下一年度IGEM大赛的机会。
5、备战IGEM：2014年5月－2014年10月，聘请专家对优秀项目进行专门辅导，重点培育项目，备战IGEM大赛。
6、参加IGEM大赛：2014年10月－11月推荐优秀团队参加国际IGEM大赛，组委会将提供团队一定的参赛费用。
四、资源平台
主办单位：中山大学有害生物控制与资源利用国家重点实验室
协办单位：广东省计算科学重点实验室技术研发中心
中山大学数学与计算科学学院
中山大学生命科学学院
参赛项目可依托以上单位或其它相关教学科研单位的师资力量和硬件条件进行项目准备和培育。
五、竞赛组委会
主 席：
徐安龙：有害生物控制与资源利用国家重点实验室主任、教授，北京中医药大学校长
副主席：
何建国：有害生物控制与资源利用国家重点实验室副主任、教授，中山大学海洋学院院长
许跃生：广东省计算科学重点实验室主任，中山大学数学与计算科学学院教授
委 员：
屈良鹄：有害生物控制与资源利用国家重点实验室副主任、教授
张文庆：有害生物控制与资源利用国家重点实验室副主任、教授
刘灵燕：有害生物控制与资源利用国家重点实验室副主任
贺雄雷：有害生物控制与资源利用国家重点实验室教授
任间：有害生物控制与资源利用国家重点实验室副教授
张永东：广东省计算科学重点实验室技术研发中心主任、中山大学数学与计算科学学院高级讲师
黄盛丰：有害生物控制与资源利用国家重点实验室副教授
杨建华：有害生物控制与资源利用国家重点实验室副教授
秘 书：
王婷婷：有害生物控制与资源利用国家重点实验室秘书
苗馨元：有害生物控制与资源利用国家重点实验室秘书
联系方式：
数计学院：张永东，TEL： 84115353
生科院及其它学院：王婷婷（39943487）、苗馨元（ 84115674）
EMAIL：sklbcyjs@mail．sysu．edu．cn
附件：中山大学生物信息竞赛项目申请书．doc
关于iGEM介绍
国际遗传工程的机器设计竞赛（International Genetically Engineered Machine Competition，iGEM）是合成生物学（Synthetic Biology）领域的国际性学术竞赛。该竞赛主要面对的是在校大学本科生。合成生物学主要通过对标准化模块（生物砖，Biobrick）构建一个简单的生物系统，并加以操纵。IGEM由美国麻省理工学院（Massachusetts Institute of Technology，MIT）于2003年首次创办，2005年发展为国际性赛事，2008年有21个国家和地区的84支队伍参赛，中国高校如清华大学、北京大学、中国科技大学、上海交通大学等于2009年开始加入该项赛事，2011年，参赛队伍已经到达164支。我校队伍SYSU－softword参加了2012年的比赛，晋级世界决赛，并获两项金奖。
iGEM比赛要求学生通过课余时间完成相关实验，培养团队合作能力，并提高了对科学研究的热情。该比赛的相关研究成果会展示在iGEM主页以及队伍的wiki主页上，供全球的研究者共享，为不同国家、不同专业的学生提供一个国际交流的平台。iGEM比赛把参赛队伍的研究主题分为八个方面，分别是环境、食物与能源、应用、健康与医学、工业产业、新应用以及软件工具。奖项设置除了单项奖的金银铜奖之外，还有相应类别的以及集体总分排名的最终大奖（the only grand prize）。
iGEM软件工具介绍（Software Tools Development）
参加iGEM软件工具方向比赛需要提供至少一个建好的软件工具，如此高的难度导致了历年来参加软件工具方向比赛的队伍都没有超过十支。从2009年中国逐渐有高校参加IGEM比赛开始，第一支参加iGEM比赛的为中国科技大学软件队，他们获得了2010年度的最佳软件奖。参加软件工具方向比赛的队伍也可以参加最终大奖的评选，但是他们的评判标准与其他的队伍有所不同。下面是软件队伍评选条件。
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奖项
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评选条件
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铜奖
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1、项目通过队伍报名准入条件预评审并成功注册；
2、通过iGEM的wiki展示队伍项目；
3、在iGEM比赛上展示海报，并做演讲；
4、开发一个开放代码的软件工具，依据生物砖标准为合成生物学提供生物学上的支持。
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银奖
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在满足铜奖评选的条件的基础上，满足以下条件之一：
1、软件的可升级性：提供软件的升级的版本的详细说明书；
2、软件的可衍生性：提供另一款软件。
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金奖
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在满足银奖评选的基础上，必须满足下述两个条件：
1、可验证性：需要另一支队伍使用本队伍开发的软件以证明其确实有用的。必须清晰的展示你所开发的软件是怎样工作的，得到的结果是什么；
2、实用性：用简述和详细叙述两种方法表现你的软件在合成生物学中对于人类实践（Human Practices）产生的影响，可以选择的主题包括：安全，伦理，共享，创新等。
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有害生物控制与资源利用
国家重点实验室（中山大学）
二〇一三年四月十一日
